Коллегиальными органами управления Учреждением являются:
- Совет Учреждения (п. 3.6 Устава Учреждения);
- Наблюдательный совет Учреждения (п. 3.7, 3.8, 3.9 Устава Учреждения . Постановление Администрации Великого Новгорода от 13.04.2010 № 1308 "О создании муниципального автономного общеобразовательного учреждения "Средняя общеобразовательная школа №31" , Изменения в сведения Наблюдательного совета школы)
- Педагогический совет Учреждения (п. 3.10 Устава Учреждения)
- Общее собрание работников Учреждения (п. 3.11 Устава Учреждения)
- Методический Совет